Panglima Kodam Jaya meminta bantuan Prabowo untuk tragedi Jakarta tahun 1998 ekoran rusuhan reformasi .Beberapa bangunan penting seperti rumah dinas Wakil Presiden B.J. Habibie di Kuningan berjaya diamankan. Tetapi peranannya dipertikaikan. Beliau berhasil memujuk Amien Rais agar membantalkan perhimpunan di Monas.

Pada 14 Mei 1998 ,Prabowo bertemu dengan tokoh reformis seperti Adnan Buyung Nasution, Setiawan Djodi, Rendra, Bambang Widjajanto dan lain-lain seakan-akan peranan Suharto pada tahun 1965. Beliau tidak ingin rampasan kuasa tentera kerana akan mencetuskan pelbagai kekacauan.